References

1

M. Levitt and S. Lifson, J. Mol. Biol., 46, 269 (1969).

2

J. A. McCammon, B. R. Gelin, and M. Karplus, Nature (London), 267, 585 (1977).

3

W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, Mol. Phys., 34, 1311 (1977).

4

O. Edholm, O. Berger, and F. Jähnig, J. Mol. Biol., 250, 94 (1995).

5

H. Heller, M. Schaefer, and K. Schulten, J. Phys. Chem., 97, 8343 (1993).

6

M. Levitt and R.Sharon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85, 7557 (1988).

7

M. Levitt, Chem. Scr., 29A, 197 (1989).

8

M. C. Nuss, W. Zinth, W. Kaiser, E. Kölling, and D. Oesterhelt, Chem.\ Phys. Lett., 117, 1 (1985).

9

G. Petsko, Nature (London), 371, 740 (1994).

10

F. Zhou, A. Windemuth, and K. Schulten, Biochem., 32, 2291 (1993).

11

M. P. Allen and D. Tildesley, Computer Simulations of Liquids, Clarendon, Oxford, 1987.

12

J. A. McCammon and S. C. Harvey, Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, Cambridge, 1987.

13

W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, Angew. Chem. Int. Ed.\ Engl., 29, 992 (1990).

14

B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comp. Chem., 4, 187 (1983).

15

C. L. Brooks III, B. M. Pettitt, and M. Karplus, J. Chem. Phys., 83, 5897 (1985).

16

H. Grubmüller, Molekulardynamik von Proteinen auf langen Zeitskalen, Dissertation, Technische Universität München, Germany (1994).

17

R. J. Loncharich and B. R. Brooks, Proteins, 6, 32 (1989).

18

C. Niedermeier, Modellierung elektrostatischer Wechselwirkungen in Proteinen: Eine strukturadaptierte Multipolmethode, Dissertation, Ludwig-Maximilians-Universität, München, Germany (1995).

19

C. Niedermeier and P. Tavan, J. Chem. Phys., 101, 734 (1994).

20

H. Grubmüller and P. Tavan, in preparation.

21

A. W. Appel, SIAM J. Sci. Stat. Comput., 6, 85 (1985).

22

J. Barnes and P. Hut, Nature (London), 324, 446 (1986).

23

L. Greengard and V. Rokhlin, J. Comp. Phys., 73, 325 (1987).

24

L. Greengard and V. Rokhlin, Chem. Scr., 29A, 139 (1989).

25

J. F. Leathrum and J. A. Board, The parallel fast multipole algorithm in three dimensions, Technical report, Dept. of Electrical Engineering, Duke University, Durham (1992).

26

C. Niedermeier and P. Tavan, Mol. Sim., 17, 57 (1996).

27

A. Ahmad and L. Cohen, J. Comp. Phys., 12, 389 (1973).

28

W. B. Streett, D. J. Tildesley, and G. Saville, Mol. Phys., 35, 639 (1978).

29

R. C. Y. Chin, G. W. Hedstrom, and F. A. Howes, Considerations on Solving Problems with Multiple Scales. Academic Press, Orlando, Florida, 1985.

30

M. E. Tuckerman, G. J. Martyna, and B. J. Berne, J. Chem. Phys., 93, 1287 (1990).

31

M. E. Tuckerman, B. J. Berne, and G. J. Martyna, J. Chem. Phys., 94, 6811 (1991).

32

H. Grubmüller, H. Heller, A. Windemuth, and K. Schulten, Mol. Sim., 6, 121 (1991).

33

R. D. Skeel and J. J. Biesiadecki, Ann. Num. Math., 1, 191 (1994).

34

J. A. Board, Jr., J. W. Causey, J. F. Leathrum, Jr., A. Windemuth, and K. Schulten, Chem. Phys. Lett., 198, 89 (1992).

35

H.-Q. Ding, N. Karasawa, and W. A. Goddard III, J. Chem. Phys., 97, 4309 (1992).

36

M. O. Fenley, W. K. Olson, K. Chua, and A. H. Boschitsch, J. Comp.\ Chem., 17, 976 (1996).

37

A. Windemuth, Advanced Algorithms for Molecular Dynamics Simulation: The Program PMD. ACS Books, 1995.

38

R. Zhou and B. J. Berne, J. Phys. Chem., 103, 9444 (1995).

39

P. P. Ewald, Ann. Phys. (Leipzig), IV, 253 (1920).

40

A. Y. Toukmaji and J. J. A. Board, Computer Phys. Comm., 95, 73 (1996).

41

E. L. Pollock and J. Glosli, Computer Phys. Comm., 95, 93 (1996).

42

U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen, J. Chem. Phys., 103, 8577 (1995).

43

P. Procacci, T. Darden, and M. Marchi, J. Phys. Chem., 100, 10464 (1996).

44

C. L. Brooks III and M. Karplus, J. Chem. Phys., 79, 6312 (1983).

45

D. Beglov and B. Roux, J. Chem. Phys., 100, 9050 (1994).

46

P. E. Smith and B. M. Pettitt, J. Chem. Phys., 105, 4289 (1996).

47

H. Bekker, Molecular Dynamics Simlation Methods Revised, Dissertation, Rijksuniversiteit Groningen (1996).

48

A. Brünger, C. Brooks, and M. Karplus, Chem. Phys. Lett., 105, 495 (1994).

49

T. M. Martinetz and K. J. Schulten, In Proceedings of the Int. Conf. on Artificial Neural Networks, ICANN-91, Espoo, Finland, 24-28 June 1991, O. Simula, Ed., Elsevier Science Publishers, Amsterdam, 1991, p. 397.

50

M. Eichinger, Paralleler schneller Multipolalgorithmus mit Mehrschrittverfahren für Molekulardynamiksimulationen, Diplomarbeit, Ludwig-Maximilians-Universit"at, M"unchen, Germany (1995).

51

M. Eichinger, H. Grubmüller, and H. Heller, User Manual for EGO_VIII, Release 2.0, Theoretische Biophysik, Institut für Medizinische Optik, Ludwig-Maximilians-Universit"at, Theresienstr. 37, D-80333 München, Germany, 1995. Electronic access: http://www.imo.physik.uni-muenchen.de/ego.html.

52

M. Eichinger, H. Grubmüller, and H. Heller (1997), in preparation.

53

S. Hayward, A. Kitao, and N. Go, Physica Scripta, 3, 936 (1994).

54

S. Swaminathan, T. Ichiye, W. van Gunsteren, and M. Karplus, Biochem., 21, 5230 (1982).

55

M. Saito, Mol. Sim., 8, 321 (1992).

56

W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, and J. D. Madura, J. Chem. Phys., 79, 926 (1983).

57

A. Brünger, X-PLOR Manual, The Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University, New Haven, 1992.

58

C. Eckart, Phys. Rev., 47, 552 (1935).

59

N. Ehrenhofer, Untersuchung der Konformationsdynamik eines vereinfachten Proteinmodells, Diplomarbeit, Ludwig-Maximilians-Universität, München, Germany (1994).

60

H. C. Anderson, J. Chem. Phys., 72, 2384 (1980).

61

H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, and J. R. Haak, J. Chem. Phys., 81, 3684 (1984).

62

H. Grubmüller, B. Heymann, and P. Tavan, Science, 271, 997 (1996).

63

E.-L. Florin, V. T. Moy, and H. E. Gaub, Science, 264, 415 (1994).